为适应国家全面实行研究生教育收费制度，合肥研究院硕士生学费为8000元/年，博士生为10000元/年。研究生在学期间实行学业奖学金+国家助学金+ 等级奖学金+助研奖酬金制度，其中研究生的学业奖学金覆盖率为100%，硕士推荐免试生为12000元/年，应试考生为10800元/年；硕博连读生为 18000元/年，应试考生为15600元/年。此外，每位研究生根据攻读学位和开展科研课题的不同，每年可获的国家助学金+等级奖学金+助研奖酬金约 20,000-30,000元/年。