学术型硕士研究生标准学制为3年，全日制专业学位研究生标准学制2年，培养费标准为1万元／年（不含MBA、MPA、MPAcc、MEM和项目管理等专业学位

学校2009级起推行研究生培养机制改革，实行新的研究生奖助学金资助体系。研究生在学期间的基本奖学金按两个阶段实行动态管理。评定时间分别为录取时和入学后第三学期。基本奖学金分为四个等级，资助对象为档案转入学校的全日制研究生（不含委培、定向、MBA）的研究生，覆盖面为100%。具体详见“河海大学研究生基本奖学金管理办法”。

另外学校还提供大量的研究生“三助”岗位。