2011年华南植物园设有：植物科学研究中心、生态及环境科学研究中心、农业及资源植物研究中心、分子生物分析及遗传改良研究中心等4个研究中心；职能部 门调整为：综合办公室、科研管理处、合作交流处、人事教育处、财务资产处、园艺中心、鼎湖山国家级自然保护区管理局等7个部门。
　　华南植物园的发展方向：在创建国际一流科学植物园的同时，面向国家重大需求和学科发展前沿，围绕退化生态系统的恢复与重建、环境与生态安全、物种的演 化形成与维持、生物多样性保育、植物资源储备与可持续利用等领域，进行基础性、前瞻性和战略性研究，努力建设成为我国科技创新、人才培养与科学知识传播的 重要基地。其发展目标：一是致力于国立植物园的物种保护，科学研究和知识传播等职能，逐步发展成为世界公认的恢复生态学、系统演化植物学、保育生物学及植 物资源可持续利用的高水平研究机构和世界一流植物园；二是立足符合中国国情的植物资源保护和可持续利用模式的创新，在引领中国植物园的同时，开拓中国植物 保护在全球的主导作用，拟通过5—10年的努力，形成未来全球——英国邱园、美国密苏里植物园和华南植物园三足鼎立的格局。