以水生生物污染效应，渔业生态环境监测、安全预警评价和修复，渔业生物多样性保护为主要研究方向。近年研究热点为：新型污染物分子生物标志物研究、海湾养殖生态环境综合调控与修复技术和人类活动对海湾生态环境的影响研究。主要研究方向和目标为：
　　1、水生生物污染效应：研究外源性环境污染物中有毒有害物质（人工合成化学物质和渔用药物）对渔业生物的毒理学和毒性效应，探索研究有效的毒性诊断、安全风险评估与水产品质量安全保障技术。
　　2、渔业生态与环境修复：开展渔业生态环境长期动态监测，揭示重要生源要素时空演变特征及其对海洋基础生产和渔业资源的产出效应；研究养殖环境自身污染机制，建立养殖环境安全预警评价方法、养殖容量评估方法，构建养殖生态环境综合调控与修复技术体系。
　　3、渔业生物多样性保护：研究气候和人类活动影响下的渔业生物多样性长期变动过程和机制，探索研究人工渔业生态系统重建关键技术；研究渔业资源人工增殖群体分子判别及其遗传多样性，建立渔业水域增殖容量评价方法。