中国水产科学研究院东海水产研究所创建于1958年10月，是我国三大海区中面向东海的国家综合性渔业研究机构，现隶属于农业部中国水产科学研究院。建所 50多年来，为我国渔业经济的发展做了大量开创性工作，取得了一大批科研成果。自1978年全国科技大会以来，先后获得国家各级科技奖励200多项，其 中，国家级科技奖励19项，省部级科技奖励百余项，突出体现了科技作为第一生产力的良好社会效益和经济效益。
　　全所现有科技人员200余人，研究员30人、副研究员57人；博士生导师3人、硕士生导师32人；国家新世纪百千万人才工程国家级人选2人、中国水产科学研究院首席科学家3人；农业部有突出贡献的中青年专家5人，享有国务院政府特殊津贴的专家29人。
　　2003年，以较强的科技实力进入国家科技创新体系（国家非营利性科研机构），主要研究领域是资源保护及利用、捕捞与渔业工程、远洋与极地渔业资源开发、生态环境评价与保护、生物技术与遗传育种、水产养殖技术、水产品加工与质量安全、渔业信息及战略研究。
　　2005年，通过了中国质量体系认证中心ISO9001：2000质量管理体系认证，取得了包括海洋水产科研项目（设计、开发）、科技成果转化的质量管理系统认证证书，成为我国渔业科研系统第一个进入ISO9001质量管理体系的单位。
　　2006年，经中华人民共和国人事部和全国博士后管理委员会批准，建立了“东海水产研究所博士后科研工作站”。
　　2008年，经上海市学位委员会、上海市科教技教育委员会等9部门批准，我所成为“上海研究生联合培养基地”。