中国科学院上海巴斯德研究所是根据中国科学院、上海市和法国巴斯德研究所2004年8月30日签署的合作总协议建立的研究机构。2005年7月开始运行。现任所长为艾德铭教授，联合所长为孙兵研究员。
　　宗旨
　　根据国家公众健康需求，通过面向应用的基础研究、为公众健康服务和教育，为传染性疾病的预防和治疗做出贡献。研究生教育包括硕士和博士研究生培养、专 业人员的培训结合中国科学院和巴斯德研究所国际网络的资源优势，努力创造国际化的教育和培训环境，为生物医学界培养高质量的创新型人才。
　　主要任务
　　传染病（特别是病毒性传染病，包括艾滋病、呼吸道疾病如SARS和禽流感、肝炎、脑炎等）的致病机理研究;基于基础研究，发展公众健康事业所需的应用 技术，建立生物医学技术平台；开发新的诊断技术、预防疫苗和治疗药物；开展传染病及其防控知识的教育与培训活动；建立企业孵化器，把研究成果推向实际应 用。
　　学科布局
　　上海巴斯德所恪守使命，力争在分子病毒学和抗病毒免疫领域成为国际一流研究机构，为传染性疾病预防与控制作出贡献。研究的战略方向主要集中在基础研究和转化型研究：
　　-病毒的分子生物学，急性或慢性感染的机制；
　　-免疫应答机制和病毒感染调节；
　　-新型疫苗研发。
　　科研队伍与人才培养
　　研究所共有人员117人（截止2008年12月）。其中科研人员101名，包括研究员11名、副研究员3名，研究助理/助理研究员37名、研究生49名、博士后2名，另有10名管理人员和6名技术支撑人员。
　　研究所的研究生教育包括硕士和博士研究生培养，结合中国科学院和巴斯德研究所国际网络的资源优势，努力创造国际化的教育和培训环境，为生物医学界培养高质量的创新型人才。